Tutti i fabbricati sono serviti da un sistema di aspirazione che li mantiene in costante depressione, e consente quattro ricambi ora sui volumi dei fabbricati stessi.
Il sistema di aspirazione delle arie da trattare è integrato con le biocelle in quanto l'aria aspirata viene utilizzata come aria di processo per le biocelle stesse.
L'aria insufflata all'interno dei tunnel sotto il materiale in trattamento, viene prelevata quindi dall'interno dei fabbricati ed in seguito avviata al biofiltro posto lateralmente al fabbricato di selezione. Il biofiltro consente l'abbattimento degli odori delle arie trattate, prima del loro rilascio in atmosfera. È costituito da una vasca in calcestruzzo, con pavimento forato, rialzato. Sul pavimento è distribuito il materiale biofiltrante, composto da strati di matrici legnose di varia pezzatura. L'aria da trattare viene spinta attraverso il pavimento forato e attraversa il materiale biofiltrante.
Nel fabbricato di produzione del CDR è installato un ulteriore sistema di aspirazione, servito da un filtro a maniche che abbatte la polvere generata dal materiale secco lavorato. Anche questa aria viene avviata al biofiltro prima del rilascio in atmosfera.
